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Prof. Junne ist im April 2021 von der Exzellenzuniversität Tübingen an die Universität Magdeburg gewechselt und hat seitdem den Lehrstuhl für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie der Medizinischen Fakultät inne und leitet die Universitätsklinik für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie als Klinikdirektor. An der Medizinischen Fakultät ist er seit November 2021 als Prodekan für Forschung Teil des Fakultätsvorstandes. Schwerpunkt seiner Abteilung liegt auf der translationalen Interventions- und Psychotherapieforschung, der Versorgungsforschung sowie der Weiterentwicklung der Implementierungsforschung im Feld der psychischen Gesundheit. Dabei ist Prof. Junne auch PI im Deutschen Zentrum für Psychische Gesundheit am mitteldeutschen Standort des DZPG (Magdeburg-Jena-Halle). Forschungsvorhaben von Prof. Junne wurden u.a. von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), den Bundesministerien für Bildung und Forschung (BMBF), für Arbeit und Soziales (BMAS), durch den Innovationsfonds des Gemeinsamen Bundesausschusses (GBA) sowie durch den Europäischen Strukturförderfonds (EFRE) gefördert. Seine Arbeiten wurden mehrfach ausgezeichnet, u.a. mit dem renommierten Hans-Roemer-Preis für Psychosomatische Medizin 2020.