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Zu den Schwerpunkten von Prof. Dirk Schlüter wissenschaftlicher Arbeit gehören die Infektionsimmunologie und Pathogeneseforschung, vorrangig auf dem Gebiet der experimentellen Zentralnervensystem-Infektionen. Des Weiteren beschäftigt sich Prof. Schlüter mit Untersuchungen zur Funktion hirneigener Zellen bei entzündlichen Erkrankungen des Zentralnervensystems und der Erforschung mikrobiell-induzierter Autoimmunität im Zentralnervensystem. Als Gutachter ist Prof. Schlüter sowohl für zahlreiche internationale Fachjournale tätig wie auch für Organisationen der Forschungsförderung (Deutsche Forschungsgemeinschaft, der Schweizerische Nationalfonds, Medical Research Council (UK) u.a.). 2004 nahm Prof. Schlüter einen Ruf an die Universität Magdeburg an und wechselte im Jahr 2018 an die Medizinische Hochschule Hannover.

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